Ключовата разлика между молекулярното докинг и точкуването е, че докингът е техника, използвана за определяне на афинитета на свързване между две молекули, докато точкуването е процес на оценяване на определена поза чрез преброяване на броя на благоприятните междумолекулни взаимодействия.йени
Термините молекулярно докинг и скоринг се използват в областта на молекулярното моделиране. Молекулярното моделиране е техника, използвана за определяне на възможните подредби на различни молекули в дадено вещество. Тази техника е важна при създаването на нови стабилни съединения.
Какво е Molecular Docking?
Молекулярният докинг е изчислителна симулация на кандидат лиганд, свързващ се с рецептор. Този метод предвижда предпочитаната ориентация на една молекула към друга молекула, когато са свързани една с друга, за да образуват стабилен комплекс. Резултатите, получени от тази техника, могат да се използват за прогнозиране на силата на свързване или афинитета на свързване между две молекули. Тук функцията за молекулярно оценяване също е важна.
Фигура 01: Проста диаграма, показваща процеса на молекулярни взаимодействия в биологичните системи
Общо взето тази техника разглежда биологично значимите молекули като протеини, пептиди, нуклеинови киселини, въглехидрати и липиди. Тези молекули са много важни и играят важна роля в механизмите за предаване на сигнала в нашето тяло. Следователно, ориентацията на двете молекули, които ще се свържат за този процес на сигнална трансдукция, влияе върху вида на сигнала, произведен тук. Това означава; молекулярният докинг е важен за определяне както на силата, така и на вида на сигнала, произведен по време на сигналната трансдукция в биологичните системи.
Освен това техниките за молекулярно докинг са важни при проектирането на структурно базирани лекарства. Това се дължи на неговата предсказуемост на конформацията на свързване на малки молекули като лиганди към подходящо място на свързване.
Какво е молекулярно оценяване?
Молекулярното оценяване е вид математическа функция, която е полезна при оценяване на напредъка на молекулярното скачване. В областта на изчислителната химия, точковите функции се използват за прогнозиране на афинитета на свързване между две молекули след процеса на докинг. Например, ако имаме малка молекула от лекарство от частици и има биологична мишена като протеин, можем да оценим афинитета на лекарството към мястото на свързване. Освен това, молекулярното оценяване може да се използва за прогнозиране на междумолекулните взаимодействия между два протеина или между протеин и ДНК молекули.
Фигура 02: Функция за точкуване накратко
Основното приложение на молекулярното оценяване е в процесите на проектиране на лекарства - например виртуален скрининг, ново проектиране, оптимизиране на потенциални клиенти и др.
Каква е разликата между молекулярно свързване и точкуване?
Молекулярното свързване и точкуване са важни при молекулярното моделиране. Ключовата разлика между молекулярно докинг и точкуване е, че докингът е техника, използвана за определяне на афинитета на свързване между две молекули, докато точкуването е процес на оценка на определена поза чрез преброяване на броя на благоприятните междумолекулни взаимодействия.
Следната инфографика обобщава разликата между молекулярно докинг и точкуване.
Обобщение – Молекулярен докинг срещу точкуване
Молекулярното свързване и точкуване са важни при молекулярното моделиране. Ключовата разлика между молекулярно докинг и точкуване е, че докингът е техника, използвана за определяне на афинитета на свързване между две молекули, докато точкуването е процес на оценка на определена поза чрез преброяване на броя на благоприятните междумолекулни взаимодействия.
