Ключовата разлика между LTR и не-LTR ретротранспозоните е, че LTR ретротранспозоните са вид ретротранспозони, които имат дълги крайни повторения в своята структура, докато не-LTR ретротранспозоните са вид ретротранспозони, които нямат дълги крайни повторения в тяхната структура.
Ретротранспозони (преносими елементи от клас I или транспозони чрез РНК междинни продукти) са вид генетичен компонент, който може да се копира и поставя в различни геномни местоположения. Те извършват това, като превръщат РНК обратно в ДНК чрез процес, наречен обратна транскрипция, използвайки междинен продукт за транспониране на РНК. Има два основни типа ретротранспозони като LTR и не-LTR ретротранспозони
Какво представляват LTR ретротранспозони?
LTR ретротранспозони са вид ретротранспозони, които имат дълги крайни повторения в структурата си. Дълги нишки от повтаряща се ДНК могат да бъдат намерени във всеки край на LTR ретротранспозон. Те са известни като дълги терминални повторения (LTR). Всеки LTR е дълъг няколкостотин базови двойки. LTR ретротранспозоните обикновено са с дължина над 5 килобази. Освен това, между дългите крайни повторения има гени, които могат да бъдат транскрибирани еквивалентно на ретровирусните гени gag и pol. Тези гени се припокриват, така че да кодират протеаза, която обикновено обработва получения транскрипт във функционални генни продукти.
Фигура 01: LTR ретротранспозони
Gag генът на ретротранспозоните прави продукт, който се свързва с други транскрипти на ретротранспозони, за да образува вирусоподобни частици. Pol генът прави продукти, които включват ензими като обратна транскриптаза, интеграза и рибонуклеаза Н домейни. Ензимът обратна транскриптаза извършва обратната транскрипция на ДНК на ретротранспозона. Ензимът интеграза интегрира ДНК на ретротранспозона в ДНК на еукариотния геном. Рибонуклеазните H домейни са полезни при разцепването на фосфодиестерните връзки между РНК междинните продукти. LTR ретротранспозоните също кодират транскрипти с tRNA свързващи места, така че да могат да претърпят обратна транскрипция доста лесно. Освен това, тъй като ретротранспозонът съдържа информация за еукариотния геном, той може да вмъкне свои копия в други геномни места в еукариотна клетка.
Какво представляват не-LTR ретротранспозони?
Не-LTR ретротранспозоните са вид ретротранспозони, които нямат дълги крайни повторения в своята структура. Подобно на LTR ретротранспозоните, не-LTR ретротранспозоните също съдържат гени за обратна транскриптаза, РНК свързващ протеин, нуклеаза и понякога рибонуклеаза Н домейни. Но им липсват дългите терминални повторения; вместо това те имат кратки повторения, които могат да имат обърнат ред на бази една до друга. Свързващите РНК протеини се свързват с междинния продукт за транспониране на РНК и нуклеазите разрушават фосфодиестерните връзки между нуклеотидите в нуклеиновите киселини.
Фигура 02: LTR и не-LTR ретротранспозони
Въпреки че са ретротранспозони, те не могат да извършат обратна транскрипция, използвайки РНК междинен продукт по същия начин като LTR ретротранспозоните. Това е така, защото не-LTR ретротранспозоните не съдържат последователности, които свързват tRNA. Следователно, не-LTR ретротранспозон, транскрибиран в иРНК и преведен в протеини, действа като обратна транскриптаза. Обратната транскриптаза прави ДНК копие на РНК на не-LTR ретротранспозона, което може да бъде интегрирано в генома на ново място. Освен това, не-LTR ретротранспозоните се делят на два типа: LINE (дълги разпръснати ядрени елементи) и SINE (къси разпръснати ядрени елементи).
Какви са приликите между LTR и не-LTR ретротранспозони?
- LTR и не-LTR ретротранспозони са двата основни вида ретротранспозони.
- И двата типа съдържат гени за ензими като обратна транскриптаза, РНК свързващ протеин, нуклеаза и рибонуклеаза Н домейни.
- Могат да бъдат намерени в човешкия геном.
- И двата типа са еволюционно важни.
Каква е разликата между LTR и не-LTR ретротранспозони?
LTR ретротранспозоните имат дълги крайни повторения в структурата си, докато не-LTR ретротранспозоните нямат дълги терминални повторения в структурата си. По този начин, това е ключовата разлика между LTR и не-LTR ретротранспозони. Освен това LTR ретротранспозоните имат дълги директни повторения, които са само една последователност от бази, които се повтарят. От друга страна, не-LTR ретротранспозоните имат кратки повторения, които могат да имат обърнат ред на базите една до друга.
Инфографиката по-долу представя разликите между LTR и не-LTR ретротранспозони в таблична форма за сравнение едно до друго.
Обобщение – LTR срещу не-LTR ретротранспозони
LTR и не-LTR ретротранспозони са двата основни вида ретротранспозони. LTR ретротранспозоните имат дълги крайни повторения в тяхната структура, докато не-LTR ретротранспозоните нямат дълги крайни повторения в тяхната структура. И така, това е ключовата разлика между LTR и не-LTR ретротранспозони.
