Ключовата разлика между ксилен цианол и бромофенол синьо е, че в 1% агарозен гел ксилен цианолът мигрира по-бавно, докато бромофенол синьото мигрира по-бързо.
Ксилен цианолът и бромофеноловото синьо са важни като цветни маркери, които могат да се използват при наблюдение на процеса на електрофореза в агарозен гел и електрофореза в полиакриламиден гел.
Какво е ксилен цианол?
Ксилен цианолът е електрофоретичен цветен маркер или багрило за проследяване. Полезен е при наблюдение на процеса на електрофореза в агарозен гел и електрофореза в полиакриламиден гел. Когато това вещество се смеси с пробата, концентрацията на това вещество обикновено става около 0.005% до 0,03%. Някои синоними, които можем да използваме за ксилен цианол, включват Acid Blue 147, ксилен цианол, ксилен цианол FF, ксилен цианол FF и др.
Химичната формула на това съединение е C25H27N2NaO 6S2 Моларната маса на ксилен цианол е 538,61 g/mol. Това вещество може да мигрира със скорост от около 4 – 5 килобазови двойки ДНК фрагменти в 1% агарозни гелове. Това обаче зависи от буфера, който използваме. Обикновено ксилен цианол върху 6% полиакриламиден гел може да мигрира със скорост от около 140 базови двойки ДНК фрагменти. От друга страна, той може да мигрира при електрофореза с 20% денатуриращ полиакриламиден гел със скорост от 25 бази олигонуклеотид.
Броят на донорите на водородната връзка на ксилен цианола е 2m, а броят на акцепторите на водородната връзка е 8. Броят на въртящите се връзки на това съединение може да бъде даден като 7. Сложността на ксилен цианола може да се опише като 1120 градуса. Има дефиниран брой на стереоцентъра на връзката от 1.
Какво е Bromophenol Blue?
Бромофеноловото синьо е полезен pH индикатор, който е полезен като електрофоретичен цветен маркер и багрило. Има химичното наименование 3’, 3”, 5’, 5”-тетрабромофенолсулфонфталеин, BPB. Химичната формула на това съединение е C19H10Br4O5 S. Моларната маса на това съединение е 669,96 g/mol. Той е без мирис и неговата плътност може да се даде като 2,2 g/mL. Точката му на топене е 273 градуса по Целзий, а точката на кипене е 279 градуса по Целзий. Можем да го приготвим чрез бавно добавяне на излишък от бром към горещ разтвор на фенолсулфонфталеин в ледена оцетна киселина.
Бромофеноловото синьо е полезно като киселинно-алкален индикатор в диапазона между pH 3,0 до 4,6. Може да се промени от жълто при pH 3,0 до pH 4,6. Освен това, това е обратима реакция. Структурно бромофеноловото синьо е подобно на фенолфталеина.
Освен това можем да го използваме като цветен маркер за наблюдение на процеса на електрофореза в агарозен гел и електрофореза в полиакриламиден гел. Това вещество може да носи отрицателен заряд при умерено pH, където може да мигрира в същата посока като ДНК или протеин в гел. Скоростта на миграция може да варира според плътността на гела и състава на буфера. Въпреки това, в типичен 1% агарозен гел в 1 пъти TAE буфер или TBE буфер, това вещество мигрира със същата скорост като ДНК фрагмент от около 300 базови двойки.
Каква е разликата между ксилен цианол и бромофенол синьо?
Ксилен цианолът и бромофеноловото синьо са важни цветни маркери. Ключовата разлика между ксилен цианол и бромофенол синьо е, че в 1% агарозен гел ксилен цианолът мигрира по-бавно, докато бромофенол синьото мигрира по-бързо.
По-долу е обобщена информация за разликата между ксилен цианол и бромофенол синьо в таблична форма за паралелно сравнение.
Резюме – Ксилен цианол срещу бромофенол синьо
Ксилен цианолът и бромофеноловото синьо са важни като цветни маркери, използвани при наблюдение на процеса на електрофореза в агарозен гел и електрофореза в полиакриламиден гел. Ключовата разлика между ксилен цианол и бромофенол синьо е, че в 1% агарозен гел ксилен цианолът мигрира по-бавно, докато бромофенол синьото мигрира по-бързо.
