Ключовата разлика между произволните праймери и олиго dT е, че произволният праймер е смес от всички възможни хексамерни олигонуклеотидни последователности, докато олиго dT праймерът се състои от едноверижен участък от 12–18 деокситимидини.йени
Обратната транскрипция е механизъм, при който cDNA може да се синтезира с помощта на иРНК или всеки вид РНК. За да се произведе cDNA, трябва да се осигури ензим за обратна транскриптаза и други необходими компоненти, особено матрица и праймери. Праймерите са къси ДНК последователности, специално предназначени за амплификация на целевите последователности. Случайните праймери и олиго dT праймерите са два често срещани вида праймери, използвани при обратна транскрипция. Следователно произволният праймер или олиго dT праймерът са къси ДНК олигонуклеотидни последователности, необходими за обратната транскриптаза за иницииране на обратна транскрипция. В зависимост от РНК шаблона, подходящият праймер може да бъде избран от тези два типа праймери.
Какво представляват случайните праймери?
Случайният праймер е смес от олигонуклеотиди, представляващи всички възможни хексамерни последователности. Праймерната последователност на случаен праймер е 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T или C. Следователно произволните праймери могат да се използват за амплификация на едноверижна ДНК или РНК от ДНК полимераза или обратна транскриптаза, съответно. Освен това сместа от произволни праймери е способна да амплифицира всички региони на РНК, за да генерира сДНК. По този начин той произвежда различни дължини на cDNA.
Фигура 01: Случайни праймери
Най-важното е, че произволната грунд смес не показва специфичност на шаблона. Не е в състояние да различи иРНК и други видове РНК. И се свързва с всеки вид РНК в пробата. Въпреки това, произволната праймерна смес е подходяща за обратна транскрипция на РНК без поли(А) опашки, като рРНК, тРНК, некодиращи РНК, малки РНК, прокариотна иРНК и т.н., разградена РНК и РНК с известни вторични структури.
Какво е Oligo dT?
Oligo dT праймерът е участък от 12 – 18 деокситимин (dT). Последователността на праймера може да бъде представена като 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Използва се за производството на cDNA от иРНК, съдържаща поли(А) опашка. По принцип той действа като праймер за реакцията, катализирана от обратна транскриптаза. По време на обратната транскрипция олиго dT праймерът се свързва с полиаденилираната опашка, намираща се на 3´ края на повечето еукариотни иРНК и започва процеса.
Фигура 02: Обратна транскрипция с помощта на Oligo dT Primer
За разлика от случайния праймер, олиго dT праймерът не е подходящ за разградена РНК или РНК, които нямат поли(А) опашки, включително прокариотна РНК и микроРНК.
Какви са приликите между случайните праймери и Oligo dT?
- Случайният праймер и олиго dT праймерът са два вида праймери, които се използват при обратна транскрипция и създаване на кДНК.
- Използването на случаен праймер и олиго dT праймер заедно повишава чувствителността на синтеза на cDNA.
- Те са едноверижни къси нуклеотидни последователности.
Каква е разликата между случайните праймери и Oligo dT?
Случайният праймер е кратка олигонуклеотидна последователност, съставена от произволна последователност. Междувременно олиго dT праймерът е къса верига, съставена от 12 до 18 деокситимидини. И така, това е ключовата разлика между случайните праймери и олиго dT. Последователността на случаен праймер е 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T или C. Докато последователността на олиго dT праймера е 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Следователно можем да считаме това за друга разлика между произволни праймери и олиго dT.
Освен това, произволните праймери не показват специфичност на шаблона и те се свързват с всеки вид РНК, докато олиго dT праймерите показват специфичност за поли(А) опашки на еукариотна иРНК.
Инфографиката по-долу обобщава разликата между произволни праймери и олиго dT.
Резюме – Случайни праймери срещу Oligo dT
Случайният праймер и олиго dT праймерът са два вида праймери, използвани в синтеза на кДНК. Случайният праймер се състои от смес от олигонуклеотиди, представляващи всички възможни хексамерни последователности, докато олиго dT праймерът е едноверижна последователност от 12 до 18 дезокситимидини. И така, това е ключовата разлика между случайните праймери и олиго dT. Освен това олиго dT праймерите са полезни за обратна транскрипция с пълна дължина на РНК с поли(А) опашка, докато произволните праймери са полезни за обратна транскрипция на повечето видове РНК, включително разградена РНК, РНК, която няма поли(А) опашки и РНК, съдържаща вторични структури. Следователно, произволният праймер не показва специфичност на шаблона, докато олиго dT праймерът показва специфичност към еукариотна иРНК, съдържаща поли(А) опашка.
