Ключовата разлика между NGS и WGS е, че секвенирането от следващо поколение (NGS) е масивна паралелна технология за секвениране от второ поколение, която е с висока производителност, ниска цена и бърза, докато секвенирането на целия геном (WGS) е цялостен метод за анализиране на цялата геномна ДНК на клетка наведнъж чрез използване на техники за секвениране като секвениране на Sanger, подход с пушка или високопроизводително NGS секвениране.
През последните няколко десетилетия разбирането на генома на хората и другите животни се увеличи значително поради откриването на техники за бързо секвениране и инструменти за биоинформатика. Конвенционалните техники за секвениране, като секвенирането на Sanger, имаха своите ограничения, които наложиха разработването на нови методи за бързо секвениране, като секвениране от следващо поколение (NGS) и секвениране на нанопори. Техниката за секвениране на целия геном (WGS) е скорошен подход, който вече се използва в много геномни изследователски проекти, като например 100 000 геномни проекта от Genomic England, Обединеното кралство. И така, NGS и WGS са два метода за секвениране, които в момента се включват в много геномни проекти.
Какво е NGS?
NGS (последователност от следващо поколение) е масивна паралелна технология за секвениране от второ поколение, която е с висока производителност, ниска цена и бърза. Няма точно определение за секвениране от следващо поколение. Но можем ясно да го разграничим от конвенционалните техники за секвениране, базирани на капиляри. Секвенирането от следващо поколение позволява секвенирането на ДНК молекула с общ размер, по-голям от 1 милион базови двойки в един експеримент. Той предлага безпрецедентна скорост и опции с висока производителност, като например позволява секвениране на ДНК на множество индивиди едновременно. Това се постига чрез миниатюризиране на обема на отделните секвениращи реакции. Освен това, това също така ограничава размера на инструментите и минимизира разходите за реагенти за реакция.
Фигура 01: NGS платформи
NGS е метод за секвениране на кратко четене, който вече направи революция в областта на биологичните изследвания. Освен това, NGS се прилага в различни области като de novo секвениране на генома, секвениране на целия геном, анализ на транскриптоми, секвениране на малка РНК и микро РНК, целево повторно секвениране и секвениране на целия екзом.
Какво е WGS?
WGS (последователност на целия геном) е цялостен метод за анализ на цялата геномна ДНК на клетка наведнъж чрез използване на техники за секвениране като секвениране на Sanger, подход с пушка или високопроизводително NGS секвениране. Известно е още като пълно геномно секвениране или пълно геномно секвениране. Секвенирането на целия геном включва секвениране на цялата хромозомна ДНК на даден организъм, както и ДНК в митохондриите, а за растенията, ДНК в хлоропласта наведнъж. WGS позволява на учените да разчетат точната последователност на всички букви, които съставляват пълния набор от ДНК. Очаква се WGS, използващ NGS платформа, да революционизира клиничната настройка.
Фигура 02: WGS срещу йерархична последователност от пушки
Секвенирането на целия геном беше въведено в клиничните грижи през 2014 г. Освен това, приложението на WGS включва генно секвениране на ниво SNP за определяне на функционални варианти в асоциативни проучвания, терапевтична интервенция в персонализираната медицина, еволюционна биология, сравнителен геномен анализ, проучвания за мутации и пренареждания, проучвания за асоцииране на редки варианти и прогнозиране на чувствителност към болести и лекарствен отговор.
Какви са приликите между NGS и WGS?
- NGS и WGS са две техники за последователност.
- И двете техники или секвенират ДНК или РНК.
- Тези техники са нови и надеждни.
- И двете се използват при диагностициране на заболявания и откриване на лекарства.
Каква е разликата между NGS и WGS?
NGS е масивна паралелна технология за секвениране от второ поколение, която е с висока производителност, ниска цена и бърза, докато WGS е цялостен метод за анализиране на цялата геномна ДНК на клетка наведнъж чрез използване на техники за секвениране като като секвениране на Sanger, подход с пушка или високопроизводително NGS секвениране. И така, това е ключовата разлика между NGS и WGS. Освен това NGS се състои само от методи за секвениране от второ поколение, докато WGS се състои от методи за секвениране от първо, второ и трето поколение.
Следващата таблица представя разликите между NGS и WGS в таблична форма за едно до друго сравнение.
Обобщение – NGS срещу WGS
През последните десетилетия в съвременните молекулярни изследвания рутинно се прилагат различни техники за секвениране. И дори те са много мощни инструменти за много клинични приложения. NGS и WGS са два метода за секвениране, които в момента се включват в много геномни проекти. NGS е технология за секвениране от второ поколение, която е с висока производителност, ниска цена и бърза. От друга страна, WGS е метод за анализиране на цялата геномна ДНК или пълната геномна ДНК на клетка наведнъж чрез използване на техники за секвениране като секвениране на Sanger, подход с пушка или високопроизводително NGS секвениране. И така, това е обобщението на разликата между NGS и WGS.
