Ключовата разлика между профилиране на полизоми и профилиране на рибозоми е, че профилирането на полизоми анализира поведението на рибозомите, използвайки както рибозома, така и иРНК (полизома) по време на транслация, докато профилирането на рибозоми анализира поведението на рибозомите само с помощта на mRNA последователността по време на транслация.
Транслацията е втората фаза на протеиновия синтез, която преобразува информацията в иРНК в аминокиселинна последователност. Translatomics е изследване на ORF (отворени рамки за четене), които се транслират активно в клетка на организъм. Техниките за профилиране на полизоми и рибозоми са два вида техники в областта на молекулярната биология за оценка и извеждане на различни параметри в контекста на анализа на транслатома.
Какво е Polysome Profiling?
Полизомното профилиране е техника, която прави извод за състоянието на транслацията на специфична иРНК чрез анализиране на поведението както на рибозомата, така и на иРНК (полизомата). С други думи, тази техника предоставя данни и заключения за асоциирането на иРНК с рибозоми. Полизомата се отнася до групата рибозоми, свързани с иРНК, която присъства по време на фазата на удължаване на транслацията.
Фигура 01: Профилиране на полизоми
Полизомното профилиране изисква клетъчен лизат, който след това се центрофугира. След това центрофугираната проба се разделя въз основа на тяхната плътност, за да се характеризират малките и големите субединици на рибозомите и съответната иРНК, участваща в образуването на полизома. Освен това процесът включва и измерване на оптичната плътност. Необходими са експерти за извършване на полизомен профил.
Техниката за полизомно профилиране е важен инструмент за много приложения. Учените използват тази техника, за да изследват степента на транслация в клетките. По-конкретно, това е инструмент за предоставяне на точна информация за изследването на отделни протеини и техните специфични иРНК. В контекста на изучаване на степента на транслация на определена иРНК, техниката на полизомно профилиране е жизненоважна. Тук 3' и 5' последователностите на иРНК могат да бъдат изследвани по отношение на техните ефекти върху количеството произведена иРНК и нивото на транслация.
Какво е рибозомно профилиране?
Профилирането на рибозома е техника, която анализира поведението на рибозомата по отношение на нейната иРНК по време на транслация. Тази техника е открита и разработена от Джоан Щайц и Мерилин Козак. По-късно тази технология беше доразвита от двама учени, Никълъс и Джонатан, в комбинация със секвениране от следващо поколение, което доведе до разработването на различни свързани техники, като например методологията за пречистване на рибозомен афинитет (TRAP).
Фигура 02: Секвениране на рибозоми
Процедурата на рибозомно профилиране включва изолиране на иРНК, премахване на РНК, която не е свързана с рибозомите, и отделяне на иРНК, свързана с рибозомите. След тази процедура иРНК изолатът се транскрибира обратно и се осъществява синтеза на кДНК. И накрая, данните за последователността могат да бъдат приведени в съответствие с транслационния профил, за да се изведат характеристиките на поведението на рибозомата по отношение на иРНК.
Профилирането на рибозомите помага на много изследователи да идентифицират и направят изводи за местоположението на началните места на транслация, комплекта от транслирани отворени рамки за четене (ORF) в клетка или тъкан, разпределението на рибозомите върху иРНК и скоростта на транслиращи рибозоми. Профилирането на рибозома е известно още като рибозомен отпечатък или Ribo Seq.
Какви са приликите между профилиране на полизоми и профилиране на рибозоми?
- Профилирането на полизоми и рибозоми са молекулярно-биологични техники, важни в изследванията.
- Те предоставят информация за процеса на превод.
- И двата процеса на профилиране предоставят данни чрез анализ на транслатома.
- Необходими са професионални експерти за изпълнение на двете техники за точни резултати.
- Инструментите за биоинформатика играят важна роля и в двете техники.
Каква е разликата между профилиране на полизоми и профилиране на рибозоми?
Полизомното профилиране анализира поведението на рибозомата, като използва както рибозома, така и иРНК (полизома) по време на транслация, докато рибозомното профилиране анализира поведението на рибозомата само с помощта на иРНК последователността по време на транслация. По този начин, това е ключовата разлика между профилирането на полизоми и профилирането на рибозомите. Освен това, полизомното профилиране включва техники като центрофугиране с градиент на плътност и измервания на оптична плътност, докато рибозомното профилиране включва екстракция на иРНК и техники за секвениране. Освен това рибозомното профилиране е по-точно от полизомното профилиране.
Инфографиката по-долу представя разликите между профилирането на полизоми и рибозоми в таблична форма за сравнение едно до друго.
Обобщение – Профилиране на полизоми срещу профилиране на рибозоми
Транслацията е втората фаза на протеиновия синтез, която включва преобразуване на информацията от mRNA последователността в аминокиселинна последователност. Този процес изисква иРНК шаблон, рибозоми, аминокиселини, тРНК и други фактори. Профилирането на полизоми и рибозоми са две молекулярни техники. Полизомното профилиране анализира поведението на рибозомата, като използва както рибозома, така и иРНК (полизома) по време на транслация, докато рибозомното профилиране анализира поведението на рибозомата само с помощта на иРНК последователността по време на транслация. Профилирането на полизоми включва техники като центрофугиране с градиент на плътност и измервания на оптична плътност. Профилирането на рибозоми включва техники като екстракция на иРНК, синтез на кДНК и секвениране. И така, това обобщава разликата между профилиране на полизоми и профилиране на рибозоми.
