Ключовата разлика между консенсусната PCR и пан PCR е, че консенсусната PCR винаги е насочена към запазени региони, докато Pan PCR е насочена към променливи региони за идентифициране на различни щамове на група
Полимеразната верижна реакция (PCR) е техника за генна амплификация, която се състои от три основни стъпки като денатурация, отгряване и удължаване. Това се използва широко в диагностиката и молекулярната идентификация. Техниките за консенсусна PCR и Pan PCR се основават на праймерните мишени, които използва всеки тип PCR.
Какво е консенсусна PCR?
Consensus PCR е PCR техника, която е насочена към запазен регион за определен вид или род. Следователно за амплификация се избират силно запазени региони. Чрез този метод организмите могат да бъдат идентифицирани и разграничени въз основа на техния консенсус. Този метод идентифицира запазен регион за определен вид. Например, 16s rRNA областта на бактериите остава запазена област сред бактериите. Следователно, за амплификация е необходим само един комплект праймери. В повечето случаи може да се използва специфичен универсален праймер за запазената област.
Фигура 01: PCR техника
Чрез следването на консенсусен PCR метод може да се направи извод за характеристика на вида и еволюционни връзки. Въз основа на ефективността на усилване на конкретния пробен организъм може също да се изведе консенсусът на организма към групата. Освен това, провеждането на консенсусна PCR е жизненоважно във филогенетичните изследвания. Позволява идентифицирането на вид и интерпретира отклонението на конкретния организъм, показано по отношение на общия прародител.
Какво е Pan PCR?
A Pan PCR е режим на мултиплексиране на PCR. При тази техника различни щамове се амплифицират с помощта на различни праймерни мишени. Целите обаче могат да бъдат общи цели за групите щамове. По този начин, в Pan PCR, повече от два комплекта праймери могат да бъдат използвани наведнъж. Може да се проведе в реакционен метод с една тръба или като реакционен метод с много тръби. Pan PCR отнема повече време и е по-сложен в сравнение с консенсусната PCR. Поради тази причина интерпретацията на резултатите от PCR може също да бъде по-сложна при Pan PCR.
Основното приложение на Pan PCR е в молекулярната диагностика. Той позволява разграничаване между различни щамове на даден вид чрез целево усилване. Pan PCR е идеална техника за идентифициране на различни щамове на един вид, причиняващ заболяване. В повечето случаи автоматизирането на Pan PCR техниките за различни здравословни състояния е много важно и е надеждна и високоефективна техника.
Какви са приликите между консенсус PCR и Pan PCR?
- Consensus PCR и Pan PCR са два вида PCR техники.
- И двете процедури следват общата процедура в три стъпки – денатурация, отгряване и удължаване.
- Те използват праймери, които са специфични за целта.
- И двете реакции протичат в термоциклер.
- Тези реакции могат да бъдат автоматизирани.
- И двете могат да се използват в молекулярната диагностика и идентификация; обаче, точността варира.
- Тези процедури изискват валидиране.
Каква е разликата между консенсусна PCR и Pan PCR?
Както Consensus, така и Pan PCR следват една и съща рутинна процедура. Ключовата разлика между консенсусната PCR и Pan PCR обаче се основава на целите на праймера, които всяка процедура използва. Докато консенсусната PCR винаги е насочена към запазени региони, Pan PCR е насочена към променливи региони, за да идентифицира различни щамове на група. Поради тази разлика, протоколите за проектиране на праймери, броят на използваните комплекти праймери и специфичните приложения варират.
Инфографиката по-долу обобщава разликата между Consensus PCR и Pan PCR.
Обобщение – Консенсусна PCR срещу Pan PCR
PCR, въведен от Mulli, играе важна революционна роля в приложенията на молекулярната биология. Консенсусът и Pan PCR са два вида PCR, базирани на техните праймерни целеви региони. Докато консенсусната PCR е насочена към запазени региони, Pan PCR е насочена към променливи региони и играе важна роля в идентифицирането на щама. Поради тази основна разлика между консенсусна PCR и Pan PCR, специфичните функции на всеки тип PCR също варират от филогенетичен анализ до молекулярна характеристика до молекулярна диагностика.
