Ключовата разлика между метагеномиката и метатранскриптомиката разчита на типа биомолекули, изучавани във всяка област. Метагеномиката изучава ДНК, нейните последователности и нейното поведение в организмите, докато метатранскриптомиката изучава транскрибираната ДНК, главно иРНК последователности и нейното поведение в организмите.
Метагеномиката и метатранскриптомиката са две области, които придобиха голяма популярност през годините във връзка с микробната общност. Те са важни в здравеопазването, индустрията и селскостопанските биотехнологии. Както метагеномиката, така и метатранскриптомиката позволяват изучаването на отделни организми в дадена общност и техните функционални роли, които са или полезни, или вредни.
Какво е метагеномика?
Метагеномиката е областта на изследване, която изследва дезоксирибонуклеиновата киселина (ДНК). Той е най-подходящ за микробната общност. Освен това, това е по-напреднала област в сравнение с геномиката. В геномиката се извършва анализ на ДНК на определени организми. Метагеномиката обаче включва анализ на генетичен материал в общност от организми. По този начин това позволява да се изучава поведението на общност от организми, отнасящи се до едно състояние или една среда.
Фигура 01: Метагеномика
Основната техника, включена в изследванията на метагеномиката, е следващото поколение секвениране (NGS), което използва технологията на микроматрици. NGS методите могат да анализират множество организми в една реакция за наличие или отсъствие на специфични ДНК последователности. Тези ДНК последователности може да са отговорни за едно болестно състояние или състояние на околната среда. Следователно, използвайки метагеномни знания, скринингът на организмите може да се извърши лесно и точно. Секвенирането по време на NGS се извършва в кратки четения и се извършва профилиране на ДНК на организмите. ДНК последователността 16s е популярна последователност, изучавана в метагеномиката относно микроорганизмите.
Следвайки последователността на общността от организми, трябва да се извърши подравняването на последователностите. За изпълнение на задачата за подравняване се използват инструменти като инструмента Basic Local Alignment Sequence (BLAST). След подравняването филогенетичното дърво предоставя връзката на всеки организъм в общността и подробности относно неговото поведение.
Какво е метатранскриптомика?
Метатранскриптомиката е областта на изследване, която се занимава с транскриптома на организъм. Транскриптомът представлява цялата РНК последователност, транскрибирана по време на ДНК транскрипция. Последователностите на иРНК, присъстващи в транскриптома, предоставят информация за генетичната експресия. Метатранскриптомиката е анализ на множество транскриптоми в популации или общности.
Фигура 02: Анализ на транскриптоми
Изследванията на метатранскриптомиката също използват технологии с микрочипове, за да намерят последователностите на късите прочетени последователности. Освен това, метатранскриптомиката също така включва задълбочен биоинформатичен анализ с помощта на инструменти за подравняване и методи за проектиране на дърво. Полето на метатранскриптомиката обаче е много по-трудно в сравнение с метагеномиката. Извличането на иРНК или РНК като цяло не е толкова лесно, колкото изглежда. Тъй като РНК е силно склонна към унищожаване и има много кратко време на живот, поддържането и съхранението на тези може да бъде възможна заявка.
Какви са приликите между метагеномиката и метатранскриптомиката?
- Метагеномиката и метатранскриптомиката са високопроизводителни техники за анализиране на общности от организми, главно микробни общности.
- И двете техники използват микрочипова технология за извеждане на откритията.
- Получените резултати често се анализират с помощта на BLAST подравняване и филогенетични дървета.
- Освен това и двете техники не се фокусират върху един организъм, а върху група или общностни организми.
- Освен това и двете концепции се изучават най-вече във връзка с микробите – основната причина е тяхната различна роля.
Каква е разликата между метагеномиката и метатранскриптомиката?
Метагеномиката и метатранскриптомиката включват анализ на генетична материя в общност от организми. По този начин метагеномиката се отнася до моделите и последователностите на ДНК, докато метатранскриптомиката се отнася до анализа на иРНК или транскрибираната ДНК. И така, това е ключовата разлика между метагеномиката и метатранскриптомиката.
Освен това, процедурата за извличане се различава и при двете техники; метагеномиката включва процедури за екстракция на ДНК, а метатранскриптомиката включва процедури за екстракция на РНК. Следователно това също е значителна разлика между метагеномиката и метатранскриптомиката.
Инфографиката по-долу обобщава разликата между метагеномика и метатранскриптомика:
Резюме – Метагеномика срещу метатранскриптомика
Метагеномиката и метатранскриптомиката са нови области на изследване, които анализират общност от организми за конкретно състояние. По този начин метагеномиката се отнася до анализа на ДНК последователности. За разлика от това, метатранскриптомиката се отнася до анализа на РНК последователности или транскрибирани ДНК продукти. В това отношение метатранскриптомиката позволява идентифицирането на генната експресия за конкретен случай. И двете са важни при анализа на мутациите и техните ефекти. Това са бързи и по-надеждни техники, използвани за предварителна диагностика. Така това е обобщението на разликата между метагеномиката и метатранскриптомиката.
