Ключовата разлика между ITS1 и ITS2 е, че ITS1 е спейсър ДНК, разположена между 18S и 5.8S rRNA гени в еукариотите, докато ITS2 е спейсър ДНК, разположена между 5.8S и 28S rRNA гени в еукариотите.йени
Вътрешен транскрибиран спейсър (ITS) е спейсърната ДНК, обикновено разположена между рибозомна РНК на малка субединица и рибозомна РНК на голяма субединица в хромозомата или в съответния транскрибиран участък в полицистронната рРНК прекурсорна транскриптна молекула. В бактериите и археите има само един ITS между 16S и 23S rRNA гени. Но при еукариотите има две ITS спейсър ДНК: ITS1 (между 18S и 5.8S rRNA гени) и ITS2 (между 5.8S и 28S rRNA). Следователно ITS1 и ITS2 са две спейсърни ДНК, открити между rRNA гени в еукариотите.
Какво е ITS1?
ITS1 е спейсерна ДНК, разположена между 18S и 5.8S rRNA гени в еукариотите. ITS се отнася до част от нефункционална спейсърна ДНК, разположена между rRNA гени. ITS1 има по-голяма вариация на дължината от ITS2. Вариацията на дължината на ITS1 е приблизително (200-300 bp). ITS маркери като ITS1 са доказали своята ефективност при изясняване на филогенетичните връзки между различни таксони. Освен това ITS1 спейсър ДНК е по-малко запазена от ITS2 спейсър ДНК. ITS1 структурите се запазват само в много по-малки таксономични единици. Всеки еукариотен рибозомален клъстер също съдържа области, наречени външни транскрибирани спейсери (5' и 3' ETS).
Фигура 01: ITS1 регион
ITS1 спейсърната ДНК е много близка до 5’външния транскрибиран спейсър (5’ETS). Освен това, ако някой иска да амплифицира ITS1 региона за изследвания на филогенетични връзки, той трябва да използва специфична двойка праймери (обратни и предни праймери) за тази цел. За амплифициране на ITS1 регион обикновено се използват два комплекта праймери в PCR протоколите на лабораториите. Те са ITS1 напред и ITS2 назад или ITS1 напред и ITS4 назад.
Какво е ITS2?
ITS2 е спейсерна ДНК, разположена между 5.8S и 28S rRNA гени в еукариотите. Регионът ITS2 има по-къса вариация на дължина от региона ITS1. Вариацията на дължината на ITS2 е приблизително (180-240bp). Въпреки това, регионът ITS2 е по-запазен от региона ITS1 в много таксономични единици. Той идентифицира, че всички ITS2 последователности споделят общо ядро на вторичната структура. Освен това, 40% ITS2 регион е запазен сред всички покритосеменни растения, докато е възможно да се подредят 50% от ITS2 региона между семейството и по-високо ниво.
Фигура 02: ITS2 регион
Независимо от обхвата на опазване, използването на ITS2 регион също е много популярно, като ITS1 регион в изследванията на филогенетичната връзка, особено при баркодирането на гъбична ДНК. За амплифициране на ITS2 регион обикновено се използва специфичен набор от праймери в PCR протоколите на лабораториите. Това е ITS1 напред и ITS4 назад. Но когато PCR протоколът използва този набор от праймери, той също амплифицира ITS1 региона заедно с ITS2 региона. Освен това ITS2 спейсърната ДНК е много близка до 3'външния транскрибиран спейсър (3'ETS).
Прилики между ITS1 и ITS2
- ITS1 и ITS2 са две спейсърни ДНК, разположени между rRNA гени.
- Те присъстват само в еукариотите.
- И двете могат да бъдат усилени чрез използване на специфични двойки праймери.
- И двете се изрязват при узряването на рРНК като нефункционални странични продукти.
- И двете са много важни за изследванията на филогенетичните връзки, особено при баркодирането на гъбична ДНК.
Разлика между ITS1 и ITS2
ITS1 е спейсърна ДНК, присъстваща между 18S и 5.8S rRNA гени в еукариотите, докато ITS2 е спейсърна ДНК, разположена между 5.8S и 28S rRNA гени в еукариотите. И така, това е ключовата разлика между ITS1 и ITS2. Освен това ITS1 има по-голяма вариация на дължината в сравнение с ITS2. От друга страна, ITS2 има по-къса вариация на дължината в сравнение с ITS1. Това е друга разлика между ITS1 и ITS2.
Инфографиката по-долу изброява разликите между ITS1 и ITS2 в таблична форма за сравнение едно до друго.
Обобщение – ITS1 срещу ITS2
Вътрешна транскрибирана област (ITS) е нефункционална част от спейсър ДНК, разположена между rRNA гени. При бактериите и археите има само един ITS регион. Но при еукариотите има два ITS региона: ITS1 и ITS2. ITS1 е спейсърна ДНК, която е разположена между 18S и 5.8S rRNA гени в еукариотите, докато ITS2 е спейсърна ДНК, която е разположена между 5.8S и 28S rRNA гените в еукариотите. Така това е обобщението на разликата между ITS1 и ITS2.
