Ключова разлика – SDS страница срещу родна страница
SDS и native page са два вида техники за електрофореза с полиакриламиден гел, използвани в молекулярната биология. Основната разлика между SDS Page и Native Page е типът на използвания полиакриламиден гел. В SDS страницата се използва денатуриращ гел, следователно молекулите се разделят въз основа на тяхното молекулно тегло. За разлика от тях, в Native Page се използват неденатуриращи гелове. Следователно молекулите се разделят въз основа на техния размер, заряд и форма.
Електрофореза с полиакриламиден гел (Page) използва гел, получен чрез полимеризиране на акриламидни мономери с метилен бисакриламид. Полиакриламидът е по-здрав и по-устойчив на топлина от агарозата. Полиакриламидните гелове имат по-малък размер на порите, което позволява ефективното разделяне на протеините. Има два основни типа настройки на страницата, а именно SDS страница и собствена страница. SDS Page или електрофорезата с натриев додецил сулфат и полиакриламиден гел разделя протеините въз основа на техните молекулни тегла. Денатуриращи гелове се използват в SDS Page. Native Page използва неденатуриращи гелове и разделя протеините въз основа на техния размер, заряд и форма (3D конформация).
Какво е SDS страница?
SDS Page е най-разпространената електрофоретична техника, използвана за разделяне на протеини въз основа на тяхното молекулно тегло. Гелът се получава чрез добавяне на SDS (натриев додецил сулфат), който е детергент. SDS превръща протеините в мономери. SDS е анионен детергент. Следователно, той добавя нетен отрицателен заряд към протеините в широк диапазон на pH. Когато нетният отрицателен заряд се придаде на протеиновите молекули, поради промяната на заряда, сложните структури се разграждат. Благодарение на отрицателния заряд, протеините се привличат към положителния край. По този начин молекулите с по-ниско молекулно тегло се движат по-бързо по матрицата на гела и могат да се наблюдават близо до анода, докато протеините с по-високо молекулно тегло се наблюдават по-близо до ямките.
Фигура 01: Страница SDS
Свързването на SDS към полипептидната верига е пропорционално на нейната относителна молекулна маса. Следователно, молекулната маса може също да се определи чрез SDS Page. Оцветяването на SDS Page геловете се извършва чрез оцветяване с бромофенол синьо. Приложенията на страницата SDS варират в по-голяма степен, когато може да се използва за оценка на относителната молекулна маса и за определяне на относителното изобилие на протеини в протеинова смес. SDS Page може също да се използва за определяне на разпределението на протеини в смес от протеини. SDS Page също се прилага за пречистване и оценка на протеини. Използва се като предварителна процедура за Western blotting и хибридизация, която от своя страна се използва за протеиново картографиране и идентификация.
Какво е родна страница?
Електрофореза с естествен полиакриламиден гел (Native Page) използва неденатуриращ гел. Следователно, SDS или друг денатуриращ агент не се добавя към матрицата на гела. В Native Page разделянето на протеините се основава на заряда и размера на протеина. Следователно мобилността на протеина зависи от заряда и размера на протеина.
Зарядът на протеина зависи от страничните вериги на аминокиселините. Ако страничните вериги са отрицателно заредени, протеинът ще получи общ отрицателен заряд и обратно. Протеините запазват 3D конформация поради сгъването, което се случва. Сгъването е резултат от няколко типа връзки в протеините като дисулфидни връзки, хидрофобни взаимодействия и водородни връзки. Следователно, ако нативният Page се носи при неутрално pH, протеините ще бъдат разделени според молекулярната форма на протеина. Следователно Native Page може да се използва като чувствителна техника за откриване на промяната в заряда или конформацията на протеина.
Основното предимство на родния Page анализ е, че протеинът, използван за Page анализа, може да бъде възстановен в първоначалното си състояние след Page анализа, тъй като протеинът не се нарушава по време на процеса. Native Page е техника с относително висока производителност и стабилността на протеина е повишена.
Фигура 02: Родна страница
След завършване на цикъла на гела, гелът Native Page може да се види чрез оцветяване с бромофенол синьо или друг подходящ оцветяващ реагент. Приложенията на Native Page включват разделяне на киселинни протеини, включително гликопротеини като човешки рекомбинантен еритропоетин или идентифициране на протеини, присъстващи в говежди серумен албумин (BSA).
Какви са приликите между страницата SDS и основната страница?
- И двете системи SDS Page и Native Page използват полиакриламиден гел като матрица на гела.
- И двете се използват за разделяне и идентифициране на протеини.
- И двете използват електрофоретична подвижност за разделяне на съединенията.
- И двете могат да бъдат направени по вертикален или хоризонтален начин (предимно се правят като вертикални настройки на страницата, защото дължината на цикъла е по-голяма).
- Апаратът за електрофореза, включително резервоара за гел, гребени, захранването е необходим за работата на двете техники.
- Визуализирането на гела може да се извърши чрез методи на оцветяване и в двете техники.
Каква е разликата между SDS страница и собствена страница?
SDS страница срещу родна страница |
|
| SDS Page или Page с натриев додецил сулфат разделя протеините въз основа на тяхното молекулно тегло и използва денатуриращ гел. | Native Page използва неденатуриращи гелове и разделя протеините въз основа на техния размер, заряд и форма (3D конформация). |
| Тип гел | |
| Използван е денатуриращ гел в SDS-страница. | Неденатуриращ гел се използва в родната страница. |
| Наличие на SDS | |
| SDS присъства като детергент за придаване на отрицателен заряд на пробата в страницата с SDS. | SDS не присъства в родната страница. |
| Основа за разделяне | |
| Разделянето на протеини зависи от молекулното тегло на протеина в страницата SDS. | Разделянето зависи от размера и формата на протеиновата молекула в естествената страница. |
| Стабилност на протеина | |
| Стабилността на протеина е ниска в SDS страницата. | Стабилността на протеина е висока в родната страница. |
| Възстановяване на оригиналния протеин | |
| Не е възможно, тъй като е денатурирано в SDS страницата. | Възможно на родната страница. |
Резюме – Страница SDS срещу родна страница
SDS Page и Native Page са два вида техники за електрофореза с полиакриламиден гел, използвани за разделяне на протеини. Страницата SDS се третира с препарат, наречен SDS. SDS придава общ отрицателен заряд на протеина, което след това води до денатуриране на протеина. Следователно протеините се разделят въз основа на тяхното молекулно тегло. За разлика от това, техниката Native Page не използва никакъв денатуриращ агент. По този начин протеините се разделят или въз основа на техния размер или форма. Това е разликата между SDS страницата и основната страница.
