Ключовата разлика между dNTP и ddNTP е, че dNTP или дезоксирибонуклеотидите са градивните елементи на ДНК и имат 3′-OH група в структурата на пентозната захар, докато ddNTP или дидезоксинуклеозид трифосфатите са нуклеотиди, които нямат 3′-OH група и те се използват в техниката на Sanger дидезокси ДНК секвениране за получаване на различни по дължина ДНК последователности.
dNTP и ddNTP са нуклеотиди. dNTP се отнася до дезоксирибозни нуклеотиди. Те са градивните елементи на ДНК. dNTP се използват за синтезиране на ДНК. dNTP, от друга страна, се отнася до дидезоксинуклеозид трифосфати. Те се използват в секвенирането на Sanger за прекратяване на ДНК синтеза на различни дължини. Липсва им ОН група на 3' позиция. Водород присъства в позиция 3' вместо ОН група. Следователно ddNTPs не са в състояние да образуват фосфодиестерна връзка със следващия нуклеотид. dNTP е способен да извърши синтеза на ДНК, докато ddNTP е способен да прекрати полимеризацията на ДНК.
Какво е dNTP?
dNTP означава дезоксирибозен нуклеотид или дезоксирибонуклеотид. Това е градивният елемент на ДНК. Има четири вида dNTP. Те са dATP, dTTP, dCTP и dGTP. Те са именувани според пуриновите или пиримидиновите азотни основи: аденин (A), гуанин (G), тимин (T) и цитозин (C).
Фигура 01: dNTP
Аденинът и гуанинът са пуринови бази, докато тиминът и цитозинът са пиримидинови бази. Пентозната захар на dNTP е дезоксирибоза. Има и фосфатна група. Следователно dNTP се състои от три компонента: азотна основа, дезоксирибозна захар и фосфатна група. Тези dNTPs се комбинират един с друг чрез фосфодиестерни връзки. В dNTPs има OH група, прикрепена към позиция 3' на пентозна захар, която е необходима за образуване на връзка с фосфатната група, прикрепена към 5' въглерода на захарта на следващия нуклеотид. Тъй като всички dNTP имат тази 3'-OH група, те са способни да синтезират и удължават ДНК вериги. Следователно dNTP действа като основна повтаряща се единица на ДНК и химическата материя на гените. Синтезът на ДНК винаги протича от 5' до 3'.
Какво е DdNTP?
Секвенирането на Сангер е метод за секвениране на ДНК от първо поколение, разработен от Фредерик Сангер и неговите колеги през 1977 г. Той е известен също като секвениране с прекъсване на веригата или дидезокси секвениране, тъй като основният принцип на този метод е прекъсването на веригата с помощта на дидезоксинуклеозид трифосфати (ddNTPs). ddNTPs са нуклеотиди, използвани в секвенирането на Sanger. Секвенирането на Sanger се основава на селективното включване на ddNTP и прекратяване на синтеза на ДНК по време на in vitro репликацията на ДНК. Особеността на ddNTP е, че им липсва 3'-OH група на пентозната захар, за да продължи образуването на фосфодиестерна връзка между фосфатната група от 5' в съседен нуклеотид. Следователно, след като ddNTP е прикрепен към удължаващата нишка, удължаването на веригата престава и завършва от тази точка. ddNTPs действат като удължаващи веригата инхибитори на ДНК полимеразата по време на секвенционния метод на Sanger.
Фигура 02: ddNTP
Има четири ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP и ddTTP, използвани в последователността на Sanger. Тези нуклеотиди спират процеса на репликация на ДНК, когато се включат в нарастващата верига на ДНК. В резултат секвенирането на Sanger произвежда различни дължини на къса ДНК. Капилярната гел електрофореза се използва за организиране на тези къси ДНК вериги според техните размери върху гел. ddNTPs са радиоактивно или флуоресцентно маркирани с различни цветове за по-лесното анализиране на ДНК последователността. Чрез анализиране на гела може да се определи нуклеотидната последователност на неизвестната ДНК верига.
Какви са приликите между dNTP и DdNTP?
- И двата dNTP и ddNTP се използват в последователността на Sanger.
- Има четири вида dNTP и ddNTP.
- Те са съставени от три компонента: азотна основа, дезоксирибозна захар и фосфатни групи.
Каква е разликата между dNTP и DdNTP?
dNTP е един от четирите вида дезоксирибонуклеотиди, които са градивни елементи на ДНК. ddNTP е един от четирите вида дидезоксирибонуклеозид трифосфати, използвани в техниката за секвениране на Sanger. dNTP има 3'-OH група в пентозната захар, докато на ddNTP липсва 3'-OH група в пентозната захар. По този начин, това е ключовата разлика между dNTP и ddNTP. Освен това, dNTPs извършват ДНК полимеризация, докато ddNTPs прекратяват ДНК полимеризацията. Следователно, това е друга основна разлика между dNTP и ddNTP.
Инфографиката по-долу изброява разликите между dNTP и ddNTP в таблична форма.
Резюме – dNTP срещу DdNTP
Нормалните dNTP са градивни елементи на ДНК, докато ddNTP са нуклеотиди, използвани в техниката за секвениране на Sanger. dNTP има 3'-OH, докато на ddNTP липсва 3'-OH. По този начин, това е ключовата разлика между dNTP и ddNTP. Освен това dNTP може да синтезира ДНК верига, докато ddNTP може да прекрати ДНК полимеризацията. Следователно, ddNTPs се използват в секвенирането на Sanger, за да се произведат различни ДНК вериги с различна дължина. По време на секвенирането на Sanger са включени както dNTP, така и ddNTP.
