Ключова разлика – протеомика срещу транскриптомика
Omic технологията е актуална тенденция, при която различните биомолекули на един организъм се разглеждат като цялостна колекция по отношение на неговите свойства и функции. Технологията omic има широк спектър от приложения. Различните омики на биологична проба включват геномика, протеомика, транскриптомика и метаболомика. Протеомиката включва пълното изследване на всички протеини в живия организъм. Дефинира се като набор от всички експресирани протеини в един организъм, неговите структурни и функционални свойства. Пълният набор от протеини следователно образува протеома. Транскриптомиката е цялостно изследване на всички молекули на информационната РНК (mRNA), присъстващи в живия организъм. По този начин транскриптомиката се занимава с гените, които се експресират активно в живия организъм. Общият набор от иРНК в живия организъм се нарича транскриптом. Ключовата разлика между протеомиката и транскриптомиката се основава на вида на биомолекулата. В протеомиката се изучава общият набор от експресирани протеини в жив организъм, докато в транскриптомиката се изучава общата иРНК на живия организъм.
Какво е протеомика?
Терминът протеомика е въведен през 1995 г. и първоначално е дефиниран като цялостен протеинов комплемент в клетка, тъкан или организъм. С напредъка в протеомните изследвания той беше модифициран, за да се счита за общ термин, в който бяха включени много области на изследване. В момента в рамките на темата протеомика се изучава структурата, ориентацията, функциите, нейните взаимодействия, нейните модификации, нейните приложения и значението на протеините. Ето защо в момента се провеждат много изследвания в областта на протеомиката.
Първите протеомни изследвания бяха направени за идентифициране на протеиновото съдържание в Escherichia coli. Картографирането на общото протеиново съдържание се извършва с помощта на двуизмерни (2D) гелове. След успеха на това учените преминаха към характеризиране на общото съдържание на протеини в животни като морски свинчета и мишки. Понастоящем картирането на човешкия протеин се извършва с помощта на 2D гел електрофореза.
Приложения на протеомиката
Има много предимства от изучаването на протеомиката, тъй като протеините са управляващите молекули на по-голямата част от дейността, поради свойството на протеините като катализатор. По този начин изследването на цели протеини може да предостави информация относно здравословното състояние на даден организъм. Някои приложения са;
- Анотация на генома: Чрез изследване на протеиновото съдържание на даден организъм могат да се определят точните геноми, отговорни за активното протеиново съединение. В този сценарий резултатите от цялата геномика, транскриптомика и протеомика са важни.
- Идентификация на заболяването / Диагностика: Протеомиката се използва при идентифицирането на болестното състояние, чрез сравняване на здрави и болни
- За извършване на протеинова експресия, изследвана по време на експеримента.
- Протеинови модификации и изследвания на взаимодействията: За да се използват протеини in vitro условия или in vivo условия, за да се решат условията за съхранение на тези извлечени протеини и да се изследва поведението на протеина in vitro, in vivo и in – силико методи.
Фигура 01: Протеомика
Има различни техники, включени в протеомиката
- Екстракция на общия протеин и разделяне на протеините чрез 2D гел електрофореза. Протеините могат също да бъдат разделени с помощта на високоефективна течна хроматография (HPLC).
- Секвениране на извлечените протеини с помощта на методи като метода на секвениране на Едмънд или масспектрометрия.
- След като последователностите бъдат идентифицирани, структурните и функционални свойства на протеиновото съдържание се анализират с помощта на компютърен софтуер и инструменти за биоинформатика.
Какво е транскриптомика?
Терминът транскриптом е въведен наскоро. Транскриптомиката е изследване на общото съдържание на иРНК в даден организъм. Общата иРНК е експресираната ДНК в жив организъм или клетка. Пълната колекция от иРНК се нарича транскриптом.
Стъпките към анализиране на транскриптома включват,
- Екстракция на РНК, разделяне на иРНК с помощта на колонна гел хроматография с поли DT гранули.
- Секвенирането на иРНК е направено.
Технологията на микрочипове е един често срещан начин за идентифициране на транскриптома на даден организъм. Техниката на микрочипове включва плоча със сонда с комплементарните нишки на транскриптома. При хибридизация може да се охарактеризира иРНК, присъстваща в организма или клетките.
Фигура 02: Транскриптомични техники
Транскриптомиката вече се използва широко в областта на медицината. Диагностиката на заболяването и профилирането на заболяването са основните области, в които се използва транскриптомиката. Чрез анализиране на транскриптом на организъм може да се идентифицира чужда иРНК и ако има някакви инфекции, тя може да бъде идентифицирана. Некодиращата РНК може да бъде разделена с помощта на транскриптомни технологии. А също така може да се наблюдава експресията на гени при различни натоварвания от околната среда.
Какви са приликите между протеомиката и транскриптомиката?
- И двете формират част от концепцията на технологията omic.
- И двете се използват в диагностиката на заболяването и характеризирането на болестта на даден организъм.
- И двете области на изследване включват извличане на биомолекулата, разделяне на биомолекулата и етапи на секвениране.
Каква е разликата между протеомиката и транскриптомиката?
Protemics срещу Transcriptomics |
|
| Протеомиката включва пълното изследване на всички протеини в живия организъм. | Транскриптомиката е цялостно изследване на всички молекули на информационната РНК (mRNA), присъстващи в живия организъм. |
| Изследван тип биомолекула | |
| Протеините се изучават в протеомиката. | mRNA се изследват в транскриптомиката. |
| Изследвани фактори | |
| Структурата, функцията, взаимодействията, модификациите и приложенията на протеините се изучават в протеомиката. | Структурата на последователността, взаимодействията с околната среда и приложенията на иРНК се изучават в транскриптомиката. |
Резюме – Протеомика срещу транскриптомика
Omics играят важна роля в областта на науките за живота. Протеомиката се отнася до изследването на протеома, който образува пълните колекции от протеини в клетка или организъм. Транскриптомиката се отнася до изследването на транскриптома, който е пълният набор от експресирана ДНК, която е под формата на иРНК. Двете области на изследване, протеомиката и транскриптомиката, са получени след въвеждането на геномиката и в момента се използват широко в медицинската диагностика и при характеризиране и скрининг на организми. Това е разликата между протеомиката и транскриптомиката.
Изтеглете PDF на Протеомика срещу транскриптомика
Можете да изтеглите PDF версията на тази статия и да я използвате за офлайн цели според бележката за цитиране. Моля, изтеглете PDF версията тук: Разлика между протеомиката и транскриптомиката
