Ключовата разлика между йерархичното секвениране и секвенирането на целия геном е, че при йерархичното секвениране геномът се разбива на по-големи фрагменти преди секвенирането, докато при секвенирането на целия геном целият геном се разбива на малки фрагменти за секвениране.
Секвенирането е важна техника в молекулярните процеси, особено при точното идентифициране на видовете. Всъщност това е техниката за идентифициране на точния ред на нуклеотидите в ген или геном. Има много техники за секвениране. Някои от тях включват метода на Максам Гилбърт, метода на Сангер и автоматизирания метод на Сангер.
Какво е йерархична последователност от пушки?
Йерархичното подреждане на пушка е един метод за подреждане. Нарича се още „последователност отгоре надолу“. Освен това, този метод се състои от две стъпки: първата стъпка е амплификация на генома, а втората стъпка е фрагментация на генома. При този метод геномът първо се нарязва на големи фрагменти. То е последвано от клониране на тези големи фрагменти в различни гостоприемници с помощта на вектори или изкуствени хромозоми. След това тези рекомбинантни вектори се подреждат в библиотека. По време на секвенирането на пушка рекомбинантните векторни клонинги се подлагат на секвениране индивидуално. Фрагментите в клонингите се подлагат на рестрикционно смилане, за да се намали допълнително размера на генома, като по този начин се подлагат на секвениране.
Фигура 01: Йерархична последователност на пушки
По време на йерархична последователност на пушка, големите парчета от фрагменти трябва да бъдат подредени в ред преди последователността на пушка. Осъществява се с помощта на молекулярните маркери, които се включват по време на процеса на клониране.
Йерархичното секвениране на пушка създава генна карта с ниска разделителна способност. Но създава подредена карта на последователността. Следователно отнема по-голяма продължителност от директното секвениране. Целият процес се забавя поради създаването на рекомбинантна векторна библиотека. Това също е трудоемка техника. Понастоящем обаче техниката е автоматизирана, за да улесни работата.
Какво е секвениране на пушка на целия геном?
Секвенирането на пушка на целия геном е процес на секвениране в една стъпка. В този процес първо се извършва разрязването на целия геном. След това всеки от тези малки фрагменти се подлага на произволно последователност. След завършване на секвенирането се извършва анализ на последователностите. По време на анализа на последователността припокриващите се последователности се премахват и анализът не е подреден процес. Следователно сглобяването на последователности е по-малко ефективен процес в сравнение с йерархичното последователност на пушка. Процесът на секвениране на целия геном обаче е по-бърз и анализът на целия геном може да се осъществи в един единствен случай.
Какви са приликите между йерархичното и цялото геномно секвениране?
- Йерархичното секвениране и секвенирането на целия геном са два подхода за секвениране.
- И двете се подлагат на Sanger секвениране или автоматизирани методи за Sanger секвениране.
- Те участват в секвенирането на ДНК и РНК фрагменти.
- Освен това и двата метода са важни за молекулярна диагностика и изследователски цели.
- Понастоящем и двете техники са автоматизирани или компютърно базирани.
- И двете техники разчитат на фрагментирането на генома.
Каква е разликата между йерархично и цялостно геномно секвениране?
Йерархичното секвениране на пушка генерира фрагменти с по-голям размер в сравнение с секвенирането на пушка с цял геном, което работи с малки фрагменти от последователности. И така, това е ключовата разлика между йерархичното и цялото геномно секвениране. Освен това, йерархичното секвениране на пушка се състои от две основни стъпки, докато секвенирането на пушка с целия геном разчита на една основна стъпка.
Освен това, друга разлика между йерархичното секвениране и секвенирането на пушка с цял геном е, че разделителната способност е по-висока при секвенирането на пушка с цял геном в сравнение с йерархичното секвениране на пушка.
Инфографиката по-долу обобщава разликата между йерархично и цялостно геномно секвениране.
Обобщение – Йерархично срещу цялостно геномно секвениране на пушка
Йерархичното секвениране и секвенирането на целия геном са две техники за секвениране на големи геноми. Йерархичната последователност на пушка е двуетапен процес на секвениране, при който геномът се разбива на по-големи фрагменти. За разлика от това, секвенирането на пушка на целия геном е едноетапно секвениране, при което геномът се разбива на малки фрагменти и директно се секвенира. По този начин, това е ключовата разлика между йерархичното и цялото геномно секвениране на пушка. Освен това, техническите аспекти може да се различават между двете техники.
