Ключовата разлика между секвенирането клонинг по клонинг и секвенирането с пушка се крие в техния метод на поведение. Методът за секвениране на клонинг по клон включва картографиране на хромозоми и клониране преди секвениране, докато клонирането чрез секвениране с пушка пропуска както картографирането на хромозомите, така и стъпките на клониране по време на секвенирането.
Клониране чрез секвениране на клонинг и клониране чрез секвениране с пушка са два метода за съвременното геномно секвениране. Секвенирането клон по клон е по-надежден метод за секвениране. Въпреки това, методът на клониране чрез секвениране на пушка е по-бърз и по-евтин. Статията се фокусира върху фината разлика между секвенирането на клонинг по клон и секвенирането на пушка.
Какво е клониране чрез секвениране на клонинг?
Клониране по клонинг секвениране е метод за геномно секвениране. Това изисква картографиране на всяка хромозома преди разделянето на ДНК. След картографирането ДНК трябва да бъде разбита на фрагменти с дължина 150 килобази. След това тези фрагменти са готови за секвениране. Следващата стъпка е вмъкването на ДНК фрагменти в бактериални изкуствени хромозоми (BAC) и след това в бактериални клетки. Тъй като сега фрагментите са вътре в бактериалните клетки, всеки път, когато бактериите се делят, вмъкнатите ДНК фрагменти също се делят и произвеждат много идентични копия. След това отделната бактериална клонирана ДНК се фрагментира на фрагменти с дължина 500 базови двойки. Те са по-малки и застъпващи се фрагменти. След това секвенирането се извършва с вмъкване на тези фрагменти във вектор с известна ДНК последователност. Започвайки от известната последователност на вектора, последователността продължава до неизвестна последователност.
След приключване на секвенирането е необходимо да се идентифицират областите на припокриващи се последователности. След това се извършва свързване на фрагментите, за да се образуват по-големите фрагменти, първоначално представени в BAC. След това сглобяването на по-големи фрагменти в хромозомата се извършва според картата на генома.
Фигура 01: Клониране чрез секвениране на клонове
Значителното предимство на секвенирането клонинг по клонинг е, че предварително подготвената геномна карта помага за надеждно сглобяване на по-големи фрагменти. Но недостатъкът на този метод за секвениране е, че отнема много време за генериране на геномни карти и създаване на клонинги. Това обаче беше методът, предпочитан по време на „Проекта за човешкия геном“.
Какво е клониране чрез секвениране на пушка?
Клонирането чрез секвениране с пушка е метод за секвениране, който произволно разбива ДНК последователности на много малки фрагменти и сглобява отново последователността чрез наблюдение на припокриващите се региони. По-големите геноми на бозайници са трудни за клониране на последователност и сглобяване. Това се дължи на тяхната структурна сложност и размер. Въпреки че методът за секвениране клонинг по клонинг е надежден, секвенирането на геноми на сложни организми отнема много време. Следователно клонирането чрез секвениране с пушка се превърна в надежден, по-евтин метод за секвениране, който може да се извърши по-бързо. Следователно съвременните учени разчитат на този метод за секвениране, за да се справят със сложни геноми.
Фигура 02: Клониране чрез секвениране на пушка
По време на клониране чрез метод на секвениране с пушка не се извършват конвенционални стъпки за картографиране на генома и клониране. Първоначално целият геном е фрагментиран на различни размери от 20 килобази до 300 килобази. След това се извършва секвениране. След това, използвайки сложен компютърен софтуер, е необходимо да се сглобят фрагментите, като се гледат припокриващите се области.
Клонирането чрез секвениране с пушка помага за подобряване на точността на съществуващите геномни последователности. Основното предимство на този метод е, че той е много по-бърз и по-евтин от метода за секвениране на клонинг по клонинг. Този процес обаче не включва използването на генетична карта. Следователно е по-вероятно да възникнат грешки по време на сглобяването. По този начин това е основен недостатък при клонирането чрез метода на последователност от пушка.
Какви са приликите между секвенирането на клонинг по клонинг и секвенирането на пушка?
- И двата метода за секвениране на генома са два метода за секвениране на клонинг по клонинг и секвениране с пушка.
- По време на двете техники за секвениране, сглобяването на разбити фрагменти се извършва чрез идентифициране на припокрити региони.
- Също така, разграждането на ДНК на по-малки фрагменти е необходимо както за клониране, така и за секвениране на пушка.
Каква е разликата между секвениране на клониране по клонинг и секвениране на пушка?
Техниката за секвениране на клониране включва две основни стъпки: картографиране на хромозоми и клониране. За разлика от това, клонирането чрез секвениране на пушка не следва тези две стъпки; той произволно разбива ДНК последователности на много малки фрагменти и сглобява отново последователността, като наблюдава припокриващите се региони. Следователно, това е ключовата разлика между секвенирането на клонинг по клонинг и секвенирането на пушка. Поради този фактор секвенирането клониране по клон е скъп и отнемащ време процес, докато секвенирането клониране чрез пушка е по-бързо и по-евтино.
Въпреки това е по-малко вероятно да се появят грешки по време на асемблиране по време на клониране по последователност на клониране. Поради това има висока надеждност. Въпреки това, клонирането чрез секвениране на пушка е сравнително по-малко надеждна техника. Така че, това също е значителна разлика между секвенирането клонинг по клонинг и секвенирането на пушка.
Информационната графика по-долу представя повече информация относно разликата между секвениране клониране по клон и секвениране на пушка.
Резюме – Клониране по клонинг секвениране срещу секвениране на пушка
Като обобщаваме разликата между секвенирането клон по клон и секвенирането на пушка, секвенирането на клонинг по клон и секвенирането на пушка са два метода за секвениране на генома. Техниката за секвениране на клонинг по клон обаче включва както картографиране на генома, така и процеси на клониране, докато секвенирането на клонинг чрез пушка не го прави. И така, това е ключовата разлика между клонинг по клонинг секвениране и пушка секвениране. Тъй като картографирането на генома се извършва по време на секвениране на клонинг по клонинг, е по-малко вероятно да възникнат грешки по време на сглобяването на последователности. Но клонирането чрез секвениране на пушки е много по-бърз и по-евтин процес. Въпреки това е сравнително по-малко надежден. Секвенирането клон по клон беше предпочитаният метод за секвениране по време на „Проекта за човешкия геном“. Но съвременният молекулярен биолог разчита повече на клониране чрез секвениране с пушка.
