Ключовата разлика между контиг и скеле е, че контигът няма пропуски, докато скелето се състои от контиги и празнини.
Секвенирането на генома на многоклетъчните организми е много трудно в сравнение със секвенирането на едноклетъчните организми. Секвенирането на целия геном е лесна и бърза техника за секвениране на генома за многоклетъчни геноми. Това е метод, който секвенира много припокриващи се ДНК фрагменти паралелно. При този метод малките фрагменти се сглобяват в по-големи фрагменти и след това в по-големи контиги с помощта на компютър. След това контигите се сглобяват в скелета и накрая в хромозома. Следователно контигът е непрекъснат участък от нуклеотидни последователности, докато скелето е част от генома, състояща се от контиги и пропуски. Както contig, така и скелето са реконструирани геномни последователности.
Какво е Contig?
Contig е геномна последователност. Това е непрекъснат участък от последователности, съставен от A, C, G и T бази. Той се формира чрез събиране на няколко малки припокриващи се бита ДНК в по-дълга последователност. С прости думи, contig е съвкупност от набор от фрагменти от последователност. Създаването на Contig включва идентифициране на припокриващи се фрагменти от последователности въз основа на локални методи за съвпадение и подравняване на низове, които идентифицират припокриващи се краища на последователностите.
Контигите нямат пропуски. Той е част от скеле. Контигите се свързват заедно при създаването на скеле. Това изисква допълнителна информация за относителната позиция и ориентация на контигите в генома. Пропуските разделят контигите в скеле. По принцип сглобяването на contig е важна стъпка в секвенирането на пушка за целия геном. Контигите се сглобяват накрая в пълна геномна последователност. Сглобяването на Contig обикновено изисква разбиране на алгоритмите за съпоставяне на низове и подравняване на последователности.
Какво е скеле?
Скелето е реконструирана геномна последователност от крайно секвенирани клонове на пушка с цял геном. Структурно скелето се състои от контиги и празнини. Следователно скелетата се създават чрез свързване на контиги заедно и разделянето им чрез празнини. Създаването на скеле се нуждае от информация относно относителната позиция и ориентация на контигите в генома. Сглобяването на пушка с цял геном има за цел да представи всяка геномна последователност в едно скеле. Но не е съвсем възможно. Следователно, една хромозома може да бъде представена от няколко скелета. Понякога скелетата могат да се припокриват. Освен това, някои скелета могат да бъдат филтрирани по време на сглобяването.
Фигура 02: Общ преглед на сглобяването на пушка с цял геном
Дължината на празнината на скелето не показва истинската му дължина. Като цяло празнините са произволно зададени на определени фиксирани дължини. Следователно тези пропуски и несигурности в техните дължини създават проблеми при разбирането на истинските пространствени връзки на функционалните елементи в геномите и действителната степен на липсваща информация. Понякога пропуските представляват липсваща геномна информация.
Какви са приликите между Contig и Scaffold?
- Contig и скеле са геномни последователности, съставени от нуклеотидни последователности.
- Скелетата са съставени от контиги и пропуски.
Каква е разликата между Contig и Scaffold?
Контигът е непрекъсната последователност, събрана от набор от фрагменти на последователност. За разлика от това, скелето е част от геномна последователност, реконструирана чрез свързване на контиги заедно. И така, това е ключовата разлика между контиг и скеле. Освен това контигите нямат празнини, докато контигите в скелето са разделени с празнини.
По-долу инфографиката представя в таблица повече разлики между contig и скеле.
Резюме – Contig срещу Scaffold
Както contig, така и скеле са реконструирани нуклеотидни последователности в проекти за секвениране на целия геном. Contig е непрекъснат участък от геномна последователност, съдържащ A, C, G и T бази без пропуски. Скелето е геномна последователност, състояща се от контиги и пропуски. Следователно най-късите компоненти на сглобката са контиги, докато скелетата са съвкупности от контиги. И накрая, скелетата се сглобяват в хромозоми при секвениране на целия геном. Така това обобщава разликата между contig и scaffold.
