Ключова разлика – Exome срещу РНК секвениране
Секвенирането на нуклеинова киселина е техниката, която определя реда на нуклеотидите в определен фрагмент от ДНК или РНК на организъм. Секвенирането е важно за идентифициране на ДНК и РНК състава на клетката и разграничаване на определени гени, които кодират функционални протеини; по този начин секвенирането може да се използва за разбиране на мутациите на тези гени и генните експресии. Методът за секвениране на Sanger или по-усъвършенстваните методи за секвениране от следващо поколение са методите за секвениране, които обикновено се използват. Секвенирането на екзома е секвенирането на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК региони, присъстващи в организъм, докато РНК секвенирането е процедурата за секвениране на рибонуклеинови киселини (РНК). Това е ключовата разлика между секвенирането на екзома и РНК.
Какво е Exome Sequencing?
Exome е подмножество от генома, което се състои от кодиращите гени на определен организъм. Кодиращите гени се наричат екзони и се транскрибират в иРНК и след това се превеждат в аминокиселинни последователности. По време на посттранскрипционните модификации механизмът на снаждане на РНК в еукариотите премахва интроните (некодиращи области), а екзоните остават. Има две основни техники, при които се извършва секвенирането на екзоми: базирано на решение и базирано на масив.
При базираното на разтвор секвениране на екзоми, ДНК пробите се фрагментират с помощта на рестрикционни ензими или механичен метод и се денатурират чрез топлина. В тази техника биотинилирани олигонуклеотидни сонди (примамки) се използват за селективно хибридизиране с целеви региони в генома. За етапа на свързване се използват магнитни зърна стрептавидин. Свързването е последвано от етап на промиване, където несвързаните и ненасочените последователности се отмиват. След това свързаните мишени се амплифицират с помощта на полимеразна верижна реакция (PCR) и след това се секвенират с помощта на секвениране на Sanger или техники за секвениране от следващо поколение.
Фигура 01: Секвениране на екзоми
Методът, базиран на масив, също е подобен на метода, базиран на разтвор, с изключение на това, че ДНК фрагментите се улавят в микро масив и след това следват стъпките на свързване и измиване, преди да бъдат секвенирани.
Секвенирането на Exome се използва в много приложения като генетична диагностика на заболявания, в генна терапия, при идентифициране на нови генетични маркери, в селското стопанство за идентифициране на различни полезни агрономични черти и в процедури за развъждане на растения.
Какво е РНК секвениране?
Секвенирането на РНК се базира на транскриптома, който представлява пълните транскрипти на клетката. Основните цели на секвенирането на РНК са да се каталогизират всички видове транскрипт, включително иРНК, некодираща РНК и малка РНК, за да се определи транскрипционната структура на гените и да се определят количествено нивата на експресия на всеки транскрипт по време на развитие. По време на секвенирането на РНК първоначално са използвани технологии за хибридизация (които представляват комплементарна ДНК, получена от зрели последователности на иРНК) за секвениране. Понастоящем се използва по-точна и усъвършенствана техника за последователност на РНК.
Фигура 02: Секвениране на РНК
При секвенирането на РНК, проба от РНК, която може да бъде обща РНК или фракционирана РНК, се преобразува в своята комплементарна ДНК (кДНК) с помощта на обратна транскрипция и се приготвя сДНК библиотека. Всеки сДНК фрагмент е прикрепен към адаптери от двете страни (секвениране в края на двойката) или от едната страна (секвениране в единичен край). Тези маркирани последователности се секвенират с помощта на секвениране на Sanger или следващо поколение, като секвениране на exome.
Какви са приликите между Exome и РНК секвенирането?
- Къси избрани фрагменти или целия набор от ДНК / РНК могат да се използват за Exome или РНК секвениране.
- Поредните фрагменти се съхраняват в библиотеки.
- Може да се използва секвениране на Sanger или секвениране от следващо поколение.
- И двата са ин витро методи за секвениране.
- Секвенираните фрагменти могат да бъдат определени чрез флуоресцентни етикети.
Каква е разликата между Exome и РНК секвениране?
Exome срещу РНК секвениране |
|
| Секвенирането на екзома е секвенирането на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК региони, присъстващи в даден организъм. | Секвенирането на РНК се отнася до процедурата за секвениране на рибонуклеинови киселини (РНК); транскриптомът. |
| Начална извадка | |
| Геномната ДНК е началната проба за секвениране на екзома. | РНК е началната проба за секвениране на РНК. |
| Композиция | |
| Това съдържа само кодиращи региони от общата ДНК, известни като екзони | Това съдържа РНК-иРНК / транскриптом. |
| Секвениране | |
| Има два основни метода за секвениране на екзоми; базирани на решения и базирани на масиви технологии. | Секвенирането на РНК се извършва чрез подготовката на cDNA библиотека чрез извличане на общата РНК или фрагментирана РНК. |
Резюме – Exome срещу РНК секвениране
Exome е пълният набор от кодиращи региони на организъм и техниките, включени в определянето на точния нуклеотиден ред на Exome, са известни като секвениране на екзоми. РНК секвенирането е техниката, участваща в определянето на нуклеотидния ред на РНК на даден организъм. Това е разликата между секвенирането на екзома и РНК.
Изтеглете PDF версия на Exome срещу RNA Sequencing
Можете да изтеглите PDF версия на тази статия и да я използвате за офлайн цели според бележката за цитиране. Моля, изтеглете PDF версия тук Разлика между Exome и РНК секвениране
