Ключовата разлика между BLAST и FastA е, че BLAST е основен инструмент за подравняване, достъпен на уебсайта на Националния център за биотехнологична информация, докато FastA е инструмент за търсене на сходство, достъпен на уебсайта на Европейския институт по биоинформатика.
BLAST и FastA са два софтуера, които се използват широко за сравняване на биологични последователности на ДНК, аминокиселини, протеини и нуклеотиди на различни видове и търсене на техните прилики. Тези алгоритми са написани, като се има предвид скоростта. Защото, когато учените успяха да изолират ДНК в лабораторията в средата на 80-те години на миналия век, това повдигна необходимостта от сравняване и намиране на идентични гени за по-нататъшно изследване с висока скорост. Следователно, тези два софтуера са разработени по начин, по който потребителят може да извършва бързо търсене на подобни последователности с тази на техните последователности от заявки.
BLAST е акроним за Basic Local Alignment Search Tool и използва локализирания подход при сравняване на двете последователности. FastA е софтуер, отнасящ се до Fast A, където A означава Всички. Тук софтуерът работи с азбуки като Fast A за секвениране на ДНК и Fast P за протеин. Както BLAST, така и FastA са много бързи при сравняването на всяка геномна база данни и следователно са много жизнеспособни финансово, както и като спестяват време.
Какво е BLAST?
BLAST е един от най-широко използваните софтуери за биоинформатика, разработен през 1990 г. Оттогава той е достъпен за всички на сайта на NCBI. Освен това всяко лице може да получи достъп до този софтуер и да го използва. Освен това BLAST е софтуер, който се нуждае от входни данни или последователности във формат FastA. Но дава изходни данни в обикновен текст, HTML или XML формат. BLAST работи на принципа на търсене на локализирани прилики между две последователности и кратък списък на подобни последователности, а след това търси прилики в съседство.
Фигура 01: Резултати от BLAST
По този начин този софтуер търси голям брой подобни местни региони и дава резултат при достигане на прагова стойност. Този процес обаче се различава от по-ранния софтуер, който първо претърсва цялата последователност и след това прави сравнението, и следователно отне много време.
Освен горната проверка на сходството, BLAST има много други приложения, като например ДНК картографиране, сравняване на два идентични гена в различни видове, създаване на филогенетично дърво и др.
Какво е FastA?
FastA е софтуер за подравняване на протеинови последователности. Дейвид Дж. Липман и Уилям Р. Пиърсън описаха този софтуер през 1985 г. Въпреки че първоначалната употреба на този софтуер беше само за сравняване на протеиновите последователности, модифицираната му версия успя да сравни и ДНК последователностите. Тук този софтуер използва принципа за намиране на приликата между две последователности статистически. Той съвпада с една последователност на ДНК или протеин с друга последователност чрез локален метод за подравняване на последователностите.
Фигура 02: FastA
Въпреки това, той търси локални региони за сходство, но не и най-доброто съвпадение между две последователности. Тъй като този софтуер понякога сравнява локализирани прилики, той може да открие и несъответствия. В последователност FastA взема малка част, известна като k-кортежи, където кортежите могат да бъдат от 1 до 6 и съвпадат с k-кортежи от другата последователност. В края на процеса на съпоставяне, когато достигне прагова стойност, той произвежда резултата.
Какви са приликите между BLAST и FastA?
- BLAST и FastA са биоинформационни инструменти, използвани за сравняване на протеинови и ДНК последователности за прилики.
- Освен това и двете програми използват стратегия за точкуване, за да правят сравнения между последователностите.
- Освен това и двата инструмента дават много точни резултати.
Каква е разликата между BLAST и FastA?
BLAST е инструмент за проверка на сходството между биологични последователности. От друга страна, FastA е друга програма, която улеснява проверката на сходството на протеинови и ДНК последователности. Въпреки това, в сравнение с FastA, софтуерът BLAST е много популярен, тъй като дава по-точни и бързи резултати. Следователно това е разликата между BLAST и FastA. Освен това, за разлика от FastA, програмата BLAST може да се променя според нуждите на потребителя. Следователно това е друга разлика между BLAST и FastA.
Инфографиката по-долу за разликата между BLAST и FastA предоставя повече подробности.
Обобщение – BLAST срещу FastA
BLAST и FastA са две програми, които позволяват на потребителя да сравни своята последователност от заявки с последователностите в съществуващите бази данни и да провери приликите. Първоначалната цел на FastA беше да сравнява само протеинови последователности. Но модифицираната версия на този софтуер улеснява сравненията както на протеини, така и на ДНК последователности. Въпреки че FastA е добър софтуер, повечето хора използват инструмента за подравняване BLAST, тъй като е по-популярен и дава по-точни и бързи резултати от FastA. Също така инструментът BLAST може да се променя според изискванията на потребителя. Накратко, това обобщава разликата между BLAST и FastA.
