Ключова разлика – сонда срещу праймер
Молекулярната сонда е малък ДНК или РНК фрагмент, който разпознава комплементарните последователности в ДНК или РНК и позволява идентифициране на целевата последователност. Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за синтеза на ДНК. Праймерите и пробите хибридизират с комплементарните нуклеотиди на матричната ДНК или целевата ДНК. Ключовата разлика между сондата и праймера обаче е, че праймерите са необходими за репликация на ДНК, докато сондите са необходими за откриване на специфични последователности в пробата ДНК.
Какво е сонда?
Сондата е малък фрагмент от ДНК или РНК, използван за откриване на целевата ДНК или РНК в пробата чрез молекулярна хибридизация. Те са известни също като молекулярни маркери. Дължината на сондата може да варира (100 до 1000 бази), а нуклеотидите на сондата са комплементарни на частта от целевата последователност. За по-лесно откриване пробите се маркират с радиоактивни изотопи или с флуоресцентни багрила или антитела. Сондите се свързват с комплементарните бази на целевата последователност и разкриват присъствието на целевата ДНК или РНК в пробата. Има два основни метода за етикетиране на сонди: крайно етикетиране и превод на псевдоним. Сондите се категоризират в различни типове, включително ДНК сонди, РНК сонди, cDNa сонди и синтетични олигонуклеотидни сонди, и се приготвят с помощта на различни техники.
Сондите са важни инструменти в много микробни и молекулярни области като вирусология, съдебна патология, тестове за бащинство, ДНК пръстови отпечатъци, откриване на генетични заболявания, RFLP, молекулярна цитогенетика, in situ хибридизация и др.
Фигура 01: Флуоресцентно маркирана сонда, използвана в FISH за откриване на патогени
Какво е буквар?
Праймерът е къс ДНК или РНК фрагмент, който служи като инициатор за ДНК синтеза. Ензимът ДНК полимераза добавя нуклеотиди към 3’ ОН групата на праймерната последователност и синтезира новата верига, комплементарна на шаблонната ДНК. Праймерите са много къси фрагменти с дължина от 18 до 20 нуклеотида. Те са химически синтезирани в лаборатория за in vitro ДНК амплификация (PCR). Праймерите могат да имат произволна последователност от нуклеотиди, тъй като са проектирани от потребителя. Те се синтезират, за да съответстват на комплементарните бази на шаблонната ДНК. Следователно, той може да има произволна последователност от нуклеотиди. Праймерите са от изключително значение за репликацията на ДНК, тъй като ДНК полимеразата не може да синтезира нова ДНК без предварително съществуваща част от ДНК. Когато проектирате праймерите за PCR, трябва да се имат предвид следните неща:
- Праймерите трябва да съдържат комплементарните нуклеотиди към страничния край на ДНК, който иска да се амплифицира.
- Грундовете трябва да имат температура на топене между 55 – 65 0C
- Съдържанието на G и C трябва да бъде между 50 и 60%.
Два праймера се използват в PCR като права и обратна за репликиране на двете вериги на пробата ДНК. Праймерите обикновено се използват за извършване на PCR и ДНК секвениране.
Фигура 02: Отгряване на праймера в PCR
Каква е разликата между Probe и Primer?
Сонда срещу праймер |
|
| Сондата е малък фрагмент от ДНК/РНК, използван за откриване на присъствието на целевата последователност в проба чрез молекулярна хибридизация. | Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за репликация на ДНК. |
| Функция | |
| Това открива наличието на специфична последователност в пробата от ДНК или РНК. | Това действа като отправна точка за синтеза на ДНК. |
| Дължина | |
| Дължината може да бъде в диапазона от 100 – 1000 бази | Дължината обикновено е около 18 – 20 бази |
| Свързване с допълнителна последователност | |
| Сондата хибридизира с комплементарните бази на целевата последователност | Праймерът се свързва с комплементарните бази на ДНК веригите. |
| Етикетиране | |
| Сондите са етикетирани за по-лесно откриване | Праймерите обикновено не се етикетират |
| Използване в PCR | |
| Сондите не се използват в PCR | Праймерите се използват в PCR |
Резюме – Сонда срещу праймер
Сондата е малък фрагмент от ДНК или РНК последователност, която може да бъде хибридизирана с комплементарни нуклеотиди за откриване на целева последователност в пробата. Пробите се маркират радиоактивно, имунологично или флуоресцентно, за да се види наличието на целева последователност. Праймерът е много малък ДНК или РНК фрагмент, който действа като отправна точка за in vitro ДНК амплификация. ДНК полимеразата идентифицира праймера на 3' ОН групата и инициира изграждането на нова верига, комплементарна на шаблона. Сондите и праймерите работят по подобен начин чрез хибридизиране с комплементарни нуклеотиди. По този начин ключовата разлика между сондата и праймера е тяхната основна функция.
