Ключовата разлика между сходството и идентичността при подравняването на последователности е, че сходството е подобието (приликата) между две последователности в сравнение, докато идентичността е броят знаци, които съвпадат точно между две различни последователности.
Биоинформатиката е интердисциплинарна област на науката, която включва главно молекулярна биология и генетика, компютърни науки, математика и статистика. Подреждането на последователности е основен термин в биоинформатиката. Това е процедурата, при която последователностите на ДНК, РНК или протеин се подреждат за идентифициране на региони на сходство, което е следствие от функционална, структурна или еволюционна връзка между последователностите. В края на подравняването те ще бъдат представени като редове в рамките на матрица. За да се подравнят идентичните знаци в последователни цветове, между остатъците има вмъкнати празнини.
Какво е сходство?
Приликата в подравняването на последователностите е приликата между две последователности при сравнение. Този факт зависи от идентичността на последователностите. Сходството показва степента, до която остатъците са подравнени. Следователно подобни последователности съдържат подобни свойства. В биоинформатиката сходството е инструмент за оценка на сходството между два протеина.
Фигура 01: Сходство в подравняването на последователности
Има две основни стъпки за процеса на подравняване на последователността. Първоначалната стъпка е подравняване по двойки, което помага да се намери оптималното подравняване между две последователности (включително пропуски) с помощта на алгоритми като BLAST, FastA и LALIGN. Алгоритъмът за съвпадение намира минималния брой операции за редактиране; in-dels и замествания, за да се подреди една последователност към другата последователност. След подравняване по двойки е необходимо да се получат два количествени параметъра от всяко сравнение по двойки. Те са идентичност и сходство.
Какво е идентичност?
Идентичността в подравняването на последователност е броят символи, които съвпадат точно между две различни последователности. Следователно пропуските не се броят при оценката на идентичността. Измерването се счита за свързано с по-късата последователност между двете последователности. Това значително означава, че има ефект, когато идентичността на последователността не е транзитивна. Ако X=Y и Y=Z, тогава X не е непременно равно на Z. Това се извежда от гледна точка на мярката за идентично разстояние.
Фигура 02: Идентичност в подравняване на последователност
Например, X има последователност от AAGGCTT, Y има последователност от AAGGC и Z има последователност от AAGGCAT. Идентичността между X и Y е 100% {5 идентични нуклеотида / min[дължина(X), дължина(Y)]}. Идентичността между Y и Z също е 100%. Но идентичността между X и Z е само 85% {(6 еднакви нуклеотиди / 7)}.
Какви са приликите между сходство и идентичност при подравняване на последователности?
- Както приликата, така и идентичността са два термина, които използваме при подравняването на последователността.
- Също така, те се отнасят до приликата между двете последователности.
- Освен това, ние ги изразяваме като процентна стойност.
Каква е разликата между сходство и идентичност при подравняване на последователности?
Сходството в подравняването показва приликата между две последователности, когато се сравняват, докато идентичността в подравняването на последователности показва количеството знаци, които съвпадат точно между две различни последователности. Следователно, това е ключовата разлика между сходството и идентичността в подравняването на последователността.
Резюме – Сходство срещу идентичност при подравняване на последователност
Подравняването на последователностите помага да се идентифицират региони на прилика в ДНК, РНК или протеин, получени поради функционална, структурна или еволюционна връзка между последователностите. Следователно сходството и идентичността са два ключови термина в контекста на подравняването на последователностите. Ключовата разлика между тези два термина е, че приликата е приликата между две последователности в сравнение, докато идентичността е броят символи, които съвпадат точно между две различни последователности. По този начин, това е обобщението на разликата между сходството и идентичността в подравняването на последователността.
