Ключовата разлика между CGH и array CGH е, че CGH е традиционен молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба, която има по-ниска разделителна способност, докато array CGH е напълно автоматизиран молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариацията на броя на копията в ДНК на тестова проба, която има по-висока резолюция.
CGH и масив CGH са две техники за откриване на вариации в броя на копията при индивиди. Вариациите в броя на копията се отнасят до участъците от генома, които се повтарят. Броят на копията варира между отделните лица. Вариациите в броя на копията обикновено се категоризират в две групи: кратки повторения и дълги повторения. Един от най-известните примери за кратка вариация на броя на копията е повторението на CAG тринуклеотида в гена на huntingtin. Това причинява неврологично разстройство, наречено хънтингтин. Най-добрият пример за вариация на броя на копията с дълги повторения е алфа амилазният ген, който причинява инсулинова резистентност. Промяната в броя на копията може да бъде открита чрез техники като FISH, CGH и масив CGH.
Какво е CGH?
CGH е традиционен молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба в сравнение с референтна проба. Има по-ниска разделителна способност в сравнение с автоматизираните техники. Целта на тази техника е бързо и ефективно сравняване на две геномни ДНК проби, които произлизат от различни източници.
Фигура 01: CGH
Процедурата включва изолиране на ДНК от два източника: тест и референтен. След това следващата стъпка е независимо маркиране на тестови и референтни ДНК проби с флуорофори с различни цветове. По-късно двете ДНК проби бяха денатурирани, за да се получат едноверижни ДНК проби. Накрая беше извършена хибридизация на двете получени ДНК проби в съотношение 1:1 към нормално метафазно разпространение на хромозоми. Хромозомните разлики могат да бъдат идентифицирани между двата източника с помощта на флуоресцентен микроскоп и компютърен софтуер. Освен това техниката CGH е в състояние да открие само небалансирани хромозомни аномалии.
Какво е Array CGH?
Array CGH е напълно автоматизиран молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба в сравнение с референтна проба. Той има по-висока разделителна способност и е разработен, за да сведе до минимум ограниченията на традиционния CGH. Array CGH съчетава принципите на CGH с използването на микрочипове. Вместо да използва метафазно разпространение на хромозоми, този метод използва слайдове, подредени с малки сегменти от ДНК като мишени. Тези микрочипове са направени чрез отлагане и имобилизиране на малко количество ДНК (сонди) върху твърда стъклена подложка. Размерът на пробите може да варира от олигонуклеотид до бактериална изкуствена хромозома.
Фигура 02: Масив CGH
Независимо от сондите, основният метод на масив CGH е подобен на CGH. След като сондите, съдържащи микрочип, са приготвени, двете ДНК проби (тест и референтна), маркирани с флуорофори с различни цветове, се смесват заедно и се добавят към микрочипа. Тъй като ДНК в пробите е едноверижна поради денатурация, тази ДНК се хибридизира с подредени едноверижни сонди. С помощта на цифрова система за изображения е възможно да се идентифицират хромозомните разлики между двата източника.
Какви са приликите между CGH и Array CGH?
- CGH и масив CGH са две техники за откриване на вариации в броя на копията.
- Те са молекулярни цитогенетични методи.
- И двата метода диагностицират небалансирани хромозомни аномалии.
- Флуорофорите участват и в двата метода.
- И двата метода могат да се използват за откриване на генетични нарушения, дължащи се на вариации в броя на копията.
- Те се използват широко в сравнителния геномен анализ.
Каква е разликата между CGH и Array CGH?
CGH е традиционен молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба, която има по-ниска разделителна способност, докато array CGH е напълно автоматизиран молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба който има по-висока резолюция. И така, това е ключовата разлика между CGH и масив CGH. Освен това, в CGH, тестовите и референтните ДНК проби се хибридизират с нормално метафазно разпространение на хромозоми, но в масива CGH, тестовите и референтните ДНК проби се хибридизират с имобилизираните ДНК проби, съдържащи микрочипове.
Инфографиката по-долу изброява разликите между CGH и масив CGH в таблична форма за сравнение едно до друго.
Резюме – CGH срещу Array CGH
CGH и масив CGH са две молекулярни цитогенетични техники за откриване на небалансирани хромозомни аномалии. Те се използват широко в сравнителния геномен анализ. CGH е традиционен молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба, която има по-ниска резолюция. За разлика от това, масивът CGH е напълно автоматизиран молекулярен цитогенетичен метод за анализиране на вариациите в броя на копията в ДНК на тестова проба, която има по-висока резолюция. По този начин това обобщава разликата между CGH и масива CGH.
