Ключовата разлика между оцветяването с кумаси и среброто е, че оцветяването с кумаси е техника за оцветяване с протеини, която използва брилянтно синьо оцветяване с кумаси, докато оцветяването със сребро е техника за оцветяване с протеини, която използва сребърно оцветяване.
Разделянето и идентифицирането на протеини са критични стъпки в анализа на протеомите. Те се нуждаят от характеризиране на протеини с висока разделителна способност след гел електрофореза. Съществуват многобройни техники за оцветяване, които включват различни оцветявания като анионни багрила (coomassie brilliant blue), метални катиони (имидазол-цинк), сребърно оцветяване и флуоресцентни багрила и др. Понякога могат да се използват и радиоактивни сонди. Изборът на техниката на оцветяване зависи от простотата, наличието на оборудване за изображения в лабораторията и др.
Какво представлява оцветяването с кумаси?
Оцветяването с кумаси е техника за оцветяване на протеини, която използва брилянтно синьо оцветяване с кумаси. Най-общо се нарича техника кумаси синьо. Coomassie brilliant blue е най-популярната анионна протеинова боя. Това оцветяване обикновено оцветява почти всички протеини с добра количествена линейност при средна чувствителност. Кумаси брилянтно синьо оцветяване се свързва неспецифично с почти всички протеини. Има два различни варианта на кумаси брилянтно синьо оцветяване: R-250 и G-250. R-250 предлага по-кратки времена за оцветяване, докато G-250 се предлага в по-чувствителни и екологично чисти формули.
Фигура 01: Оцветяване с кумаси
Багрилата Coomassie са много популярни в масспектрометрични изследвания и изследвания за идентифициране на протеини. Нещо повече, биобезопасното оцветяване на кумаси е безопасна формула на синьо кумаси G-250, която в момента се предлага на пазара. Предимството на тази формула е, че изисква само вода за изплакване и обезцветяване. Биологично безопасният кумаси оцветител предлага чувствителност, еквивалентна на конвенционалното кумаси синьо G-250, но по-добра от кумаси оцветителя R-250. Освен това, той има по-прост и по-бърз протокол за оцветяване от конвенционалния Coomassie blue G-250. Недостатъкът на оцветяването с кумаси синьо е, че то е по-малко чувствително в сравнение с оцветяването със сребро. Оцветяването с кумаси синьо е приблизително 50 пъти по-малко чувствително от оцветяването със сребро. Въпреки това, поради своята простота при обвързване, той е предпочитан в много изследвания.
Какво е сребърно оцветяване?
Оцветяването със сребро е техника за протеиново оцветяване, която използва сребърно оцветяване. Сребърното оцветяване се използва за оцветяване както на агарозни, така и на полиакриламидни гелове. Сребърното оцветяване на протеин в агарозни гелове е разработено за първи път през 1973 г. от Kerenyi и Gallyas. По-късно той беше адаптиран за протеини в полиакриламидни гелове, които се използват в SDS-PAGE. Понастоящем оцветяването със сребро се използва и за оцветяване на ДНК или РНК. За да се оцветят геловете, геловете се инкубират с разтвор на сребърен нитрат при този метод. Сребърното оцветяване оцветява местата, където присъстват протеини, от кафяво до черно.
Фигура 02: Сребърно оцветяване
Интензитетът на сребърното оцветяване зависи от първичната структура на протеина. Освен това, чистотата на използваните съдове и чистотата на реагентите също могат да повлияят на качеството на оцветяването със сребро. Недостатъкът на оцветяването със сребро обаче е, че то не може да открие всички протеини, особено гликопротеини и протеини с големи модифицирани групи, прикрепени към техните странични вериги.
Какви са приликите между оцветяването с кумаси и сребро?
- Оцветяването с кумаси и сребро са две техники, използвани при оцветяване на протеини.
- Могат да оцветяват както протеини, така и ДНК.
- И двете техники на оцветяване имат недостатъци.
- Тези техники имат подобни стъпки, като фиксиране, оцветяване и обезцветяване.
Каква е разликата между оцветяване с кумаси и сребро?
Оцветяването с кумаси е техника за оцветяване с протеини, която използва брилянтно синьо оцветяване с кумаси, докато оцветяването със сребро е техника за оцветяване с протеини, която използва сребърно оцветяване. По този начин това е ключовата разлика между кумаси и оцветяването със сребро. Освен това оцветяването с кумаси е по-малко чувствително от оцветяването със сребро.
Инфографиката по-долу изброява разликите между оцветяването с кумаси и сребро в таблична форма за сравнение едно до друго.
Обобщение – Кумаси срещу сребърно оцветяване
За визуализиране на протеини може да се извърши химическа реакция, специфична за протеина, свързваща багрилото или произвеждаща цвят. Това се нарича протеиново оцветяване. Оцветяването с кумаси и сребро са две техники, използвани при оцветяване на протеини. Техниката на оцветяване с кумаси използва брилянтно синьо оцветяване с кумаси, докато оцветяването със сребро използва сребърно оцветяване. И така, това е ключовата разлика между кумаси и оцветяването със сребро.
